Tas ir vismaz divkārt vairāk nekā visa pagājušā gada laikā.
Frontex izpilddirektors Fabriss Legeri raksturoja to kā "bezprecedenta" cilvēku pieplūdumu.
Septembrī cilvēku kustība nedaudz samazinājās, tomēr uz ES ārējām robežām tika konstatēti 170 000 robežpārkāpēju. Augustā viņu skaits sasniedza 190 000.
"Ierodošos imigrantu vidū dominējošie joprojām ir Sīrijas bēgļi," teikts Frontex paziņojumā.
Ir bažas, ka līdz ar konflikta saasināšanos Sīrijā uz Eiropu dosies jauns sīriešu vilnis.
Visvairāk imigrācija ietekmējusi Grieķijas salas Egejas jūrā, īpaši Lesbas salu. Tur šī gada pirmajos deviņos mēnešos reģistrēti 350 000 nelegālie imigranti.
Nelegālie imigranti dodas tālāk uz ziemeļiem. Ungārija līdz septembrim ziņojusi par vairāk nekā 240 000 robežpārkāpēju, kas ir 13 reizes vairāk nekā pagājušā gada deviņos mēnešos, vēsta Frontex.
Aģentūra norāda, ka septembrī 97 000 nelegālo imigrantu ES ieradušies caur Horvātiju, jo Ungārija savas robežas šķērsošanu apgrūtinājusi.
Samazinājies to nelegālo imigrantu skaits, kuri cenšas sasniegt Itāliju, šķērsojot Vidusjūru. Lielākā daļa no viņiem nāca no Eritrejas. Pa šo maršrutu septembrī ieradās tikai 12 000 imigrantu "jo Lībijā arvien vairāk trūkst kuģu un pasliktinās laikapstākļi," skaidro Frontex.
Itālija šī gada deviņos mēnešos reģistrējusi gandrīz 129 000 jaunpienācēju.
"Nepieciešama steidzama palīdzība Grieķijai un Itālijai, lai palīdzētu reģistrēt un identificēt jaunpienācējus," uzsvēra Legeri.
Pagājušajā gadā kopā ES sasniedza tikai 282 000 nelegālo imigrantu.