Igauņu rakstniecei ir iznākuši 13 dzejoļu krājumi, četri romāni, esejas un stāsti. Viņa ir saņēmusi Vīnes Universitātes starptautisko Herdera balvu un Baltijas Asamblejas balvu literatūrā, kā arī citas nozīmīgas prēmijas, stipendijas un atzinības.
"Vienmēr esmu uzskatījusi, ka tik mazai zemei, kāda ir Igaunija, vēstures ir par daudz," vienā no spilgtākajiem mūsdienu prozas darbiem igauņu literatūrā romānā Mēra kaps raksta Ene Mihkelsone. Kritiķi to dēvē par eksistenciālu, metafizisku, dziļi psiholoģisku, arī arhetipisku, vēsturiski filozofisku romānu, kur mēris aprakstīts nevis kā slimība, bet gan kā 20. gadsimta pirmās puses divu ideoloģiju sadursmes sekas. Šajā romānā mēra kaps ir simbolisks, līdz ar to neatrodams. Tas pastāv tikai cilvēku apziņā, kur rodas nemitīga un nepārvarama vajadzība meklēt jebkādas rīcības cēloni – arī neatrodamu.
Sižetiski tiek aptverts ļoti plašs laiks: nesenie grautiņi pie Aļošas pieminekļa Tallinā, neatkarības atjaunošana pagājušā gadsimta 90. gados, padomju gadi, NKVD un VDK aktīvā darbība pēc kara, mežabrāļu cīņas, Otrais pasaules karš, brīvvalsts, baltvāciešu kundzība un visam pāri – nodevība vienas dzimtas ietvaros. Ene Mihkelsone skar arī būtisku, mūsu sabiedrību interesējošu tēmu – sadarbību ar svešu varu, atzīšanos un šķīstīšanos. Dzīvot bez tā kļūst neiespējami, atcerēties – mokoši.
"Mēra kapu ir radījusi vēsture, tomēr tas nav tikai vēsturiskais romāns. Varbūt to varētu dēvēt par vēsturiski filozofisko romānu, kurā ar precīziem valodas līdzekļiem tiek atrakta cilvēka un tautas psihe, tāpēc zem virsējiem atklājas arvien jauni slāņi, kuru neapzinātā esamība ietekmē mūsu ikdienas dzīvi. Tas nav arī politisks romāns, drīzāk gan metafizisks un eksistenciāls, jo tajā tiek uzdoti jautājumi, kas saistās ar esamību," par romānu stāsta igauņu literatūrzinātnieks Jānika Kronbergs.